北京水利医院（水利部北京总医院）始建于1978年，是一所医教研防相结合、科室齐全、设备先进、技术优良、服务周到的二级甲等综合医院，是北京市基本医疗保险定点医院。全院现有卫生技术人员241人，其中高级职称24人，中级职称80人，并有两位专家享受政府特殊津贴。编制床位300张，开放床位200张。医院现有万元以上大型医疗设备127台，包括荷兰飞利浦CT扫描机、西德西门子800毫安X光机、日本日立7020全自动生化仪、韩国彩色全数字多普勒超声诊断仪、德国Evita2dura呼吸机、睡眠呼吸监测系统、日本血液透析机（DBB-22B型4台、DBG-01血滤机1台）、美国全自动血球计数仪、美国动态心电监护仪（动态血压监护系统）等。中医专家门诊：前列腺治疗中心采用“介入导融法”治疗支、衣原体、双球菌感染的前列腺炎、前列腺增生肥大、尿道炎、导致会阴部胀痛、尿频、尿急、尿痛、滴白、排尿困难、以及病毒疣、疱疹、性功能障碍（阳痿、早泄）等疾病。

北京水利医院妇科采用中西医结合治疗不孕不育症、及阴道炎、白带异常、外阴瘙痒、盆腔炎、附件炎、宫颈炎、宫颈糜烂、尿道口有异常分泌物、阴部肛周有菜花状增生物等疾病。脑血管治疗中心采用“颈部半介入”治疗脑血管意外（偏瘫）、脑梗塞（脑血栓形成脑栓塞）、短暂性脑缺血发作、脑出血、蛛网膜下腔出血、血管性痴呆、脑动脉硬化、脑供血不足、高血压脑病、帕金森氏症、及头痛、眩晕、癫痫；心血管疾病：高血压、高脂血症、冠心病、心梗、心衰、心律时常、心肌炎；四肢血管疾病：血栓闭塞性脉管炎、雷诺氏症、动脉硬化闭塞症、大动脉炎、动脉栓塞、浅静脉炎、下肢静脉曲张、深静脉血栓形成、慢性下肢溃疡等疾病。中医科、神经内科、皮肤病、骨科、风湿、老年病、糖尿病、肝病肿瘤、哮喘、气管炎、胃肠消化、内分泌、肛肠等疾病。本门诊具有医资雄厚、技术独特、治愈率高的优点，取信于广大患者。

该院与阜外医院合作开办的心血管内科联合病房，主要收治冠心病、瓣膜病、心肌病，以及需做冠造、搭桥、射频消融手术及介入治疗的患者，两院医生联合主持病房工作，并每周有阜外医院心内科主任查房及会诊。中医专家门诊由北京国医堂中医研究院专家应诊北京国医堂中医研究院北京市编委批准的中医药科研、教学、医疗为一体的科研事业单位。在院长领导下，设立具有研究员（教授、主任医师、副研究员（副教授、副主任医师）资格以上职称的京内外百余名中医药名老中医组成的专家委员会，负责科研立项，成果评估，学术研究和技术评估与把关。