卓尼县中医医院始建于1985年，是一家以中医为主，中西医结合的二甲医院，以中医保健，康复，中医临床教学为一体的中医院，开设有名中医办公室，中医皮肤科，针灸科，内科，妇科，儿科，骨科，痔漏科，本院重点科室为皮肤科，骨科，针灸理疗科。

近年来，医院规模不断扩大，设备不断更新，先后购置日本原装东芝16层螺旋CT机、CR、DR、数字遥控胃肠机、飞利蒲C型臂X光机、彩超、全自动血球分析仪、全自动生化分析仪、体外冲击波碎石机、电子胃镜、电子肠镜、腹腔镜、关节镜、纤维支气管镜、肺功能仪、呼吸睡眠监测仪、妇科微波治疗仪、近红外线乳腺诊断治疗仪、动态心电、脑电图等一批高档次的仪器，提高了医院的临床诊断治疗水平。